起算日の明示

1ヶ月単位の変形労働時間制（第32条の2）、フレックスタイム制（第32条の3）、1年単位の変形労働時間制（第32条の4）を採用するときは、就業規則又は労使協定で、対象とする期間の起算日を明らかにしないといけません。

1ヶ月単位の変形労働時間制の場合は、1ヶ月を平均して1週40時間以内としますので、その1ヶ月の初日・起算日を定めて、どの期間を対象とするのか明らかにするということです。1年単位の変形労働時間制、フレックスタイム制（清算期間）も同じです。

1ヶ月単位の変形労働時間制でしたら、賃金の計算期間に合わせて、例えば、20日締めの会社の場合は、毎月21日が起算日とする例が多いです。それを就業規則に記載します。

はい。その場合は、「毎年4月の第1日曜日を起算日とする」といった書き方になると思います。

1年単位の変形労働時間制を採用する場合も、会社が自由に決められます。

1年単位の変形労働時間制を採用する場合は、毎年1回、労働基準監督署に届け出ることが義務付けられています。36協定も一緒に届け出ると思いますので、それと一致した期間で設定する方法が効率的で一般的です。